Predicting Complex Phenotypes with Information from High Density Molecular Marker Panels - Guilherme J. M. Rosa

Predicting Complex Phenotypes with Information from High Density Molecular Marker Panels

Guilherme J. M. Rosa – University of Wisconsin

Genetic Improvement in Agriculture

Phenotypic Selection: Selection intensity with truncation selection.

Body weight of commercial broilers with 1957 ans 2001 genetics fed diets typical of 1957 or 2001. (Experimento em uma universidade)

The key equation: (Equação que te dá o melhoramento genético)

Técnica de modelos mistos para preparação do modelo matemático do animal.

Genome-Wide Marker Assisted Selection (Genomic Selection - GWMAS)

Alguns modelos propostos:

- BLUP – dist normal com variância comum
- BAYES A – mesma regressão com efeitos genéticos com dist normal com variância especifica para cada gene
- BAYES B – modelos de mistura (a nível das variâncias), alguns marcadores não estão ligados a nada de interesse.

Reproducing Kernel Hilbert spaces Regression – G. De Los Campos (pesquisa publicada com orientado)

Techinical Note: An R package for fiitting generalized linear mixed models in animal breeding – A. I. Vazquez D. M. (pesquisa publicada com orientada)

Um grande problema com esses modelos de muitas variáveis é ajustar um modelo (over-reduction and over-fit)

Comparar modelos: Cross-validation (Predictive Ability)

Application to câncer liability in humans
- Conjunto de dados disponiveis na literatura: Framingham Heart Study

Anotações de Renan Mercuri Pinto
10.05.2012